Koleksi referensi merupakan koleksi rujukan yang dijadikan acuan untuk sumber referensi. Jenis koleksi referensi yang dimiliki oleh perpustakaan Sint Carolus yaitu kamus, ensiklopedia, buku pedoman, bibliografi, Kitab Suci, majalah, atlas, dan koleksi tugas akhir.

Koleksi referensi hanya dapat dibaca di tempat dan berada di lantai 2 perpustakaan Salemba Raya dan lantai 1 di perpustakaan Salemba Tengah.